Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:
- ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. poz. 1947 z późn. zm.);
- ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2017 r., poz. 201 z późn. zm.);
- ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2016 r., poz. 23 z późn. zm.);
- zarządzenie nr 37 Ministra Finansów z dnia 14 sierpnia 2012 r. w sprawie postępowania w przypadku zaskarżenia do Sądu Administracyjnego decyzji, postanowienia lub innego aktu albo czynności z zakresu administracji publicznej oraz rejestrów prowadzonych w tych sprawach (Dz. Urz. Min. Fin z 2012 r. poz. 44 z późn. zm.);
- zarządzenie nr 3 Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sądowoadministracyjnych (Dz. Urz. Min. Fin. poz. 7 z późn. zm.),
- rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. Nr 5, poz. 46);
- zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów (Dz. Urz. Min. Roz. i Fin. poz. 41);
- regulamin organizacyjny Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie.
Sprawy w Urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.
Zgodnie z art. 63 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. poz. 1947 z późn. zm.):
- Kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia.
- O każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się pisemnie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia.
- Przepis ust. 1 nie ma zastosowania w przypadku, gdy kontrola celno-skarbowa jest wykonywana na podstawie bezpośrednio stosowanych przepisów prawa Unii Europejskiej albo na podstawie ratyfikowanej umowy międzynarodowej.
W przypadku przekształcenia na podstawie art. 83 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. poz. 1947 z późn. zm.) kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, w sprawie mają zastosowanie odpowiednie przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2017 r., poz. 201 z późn. zm.) - z wyjątkiem art. 165 tej ustawy.
Sprawy załatwiane są w formie pisemnej. Uprawnienia do podpisywania pism wynikają z Regulaminu organizacyjnego Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie oraz z imiennych upoważnień wydanych przez Naczelnika Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie.