Organizacja urzędu skarbowego została określona regulaminem nadanym przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie na podstawie Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017r. w sprawie organizacji jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz nadania im statutów (Dz.Urz. Min. Rozw. i Fin. poz. 41 z 2017 r.).
Na czele urzędu skarbowego stoi naczelnik powoływany i odwoływany z tej funkcji przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Kieruje on pracą urzędu za pośrednictwem Zastępców, których powołuje i odwołuje dyrektor izby administracji skarbowej na wniosek naczelnika urzędu.
Szczegółowe kompetencje przypisane do określonych funkcji znajdujących się w strukturze organizacyjnej urzędu skarbowego określa regulamin organizacyjny.
Regulamin organizacyjny Drugiego Urzędu Skarbowego w Szczecinie
Schemat organizacyjny Drugiego Urzędu Skarbowego w Szczecinie
